Kunnan ympäristönsuojeluviranomainen vastaa omalta osaltaan maatilojen ympäristönsuojelun tehtävistä. Näihin kuuluvat luvat ja niiden valvonta, lupia koskevat lausunnot muille viranomaisille, ympäristönsuojelua edistäviin hankkeisiin osallistuminen sekä ohjaus ja neuvonta. Ympäristölupa- ja ilmoituslomakkeet sekä lisää ohjeita maatalouden ympäristönsuojelusta löytyy ympäristöhallinnon sivuilta.
Ympäristönsuojelulaki edellyttää, että tietyt maatalouden toiminnot tarvitsevat ympäristöluvan. Lupa vaaditaan tietyn eläinmäärän ylittäville eläinsuojille tai jos eläinsuoja sijaitsee erityisen herkällä alueella, kuten pohjavesialueella.
Ympäristönsuojeluviranomainen valvoo lannan varastointia ja levitystä. Kunnan ympäristönsuojeluviranomaiselle on tehtävä ilmoitus lannan varastoimisesta ja kompostin jälkikypsytyksestä aumassa.
Ympäristönsuojeluviranomaiselle on ilmoitettava myös, mikäli lannan levittämisen kieltoajoista poiketaan. Ilmoitus varastoinnista on tehtävä 14 vrk ennen varastoinnin aloittamista ja ilmoitus poikkeamisesta lannan levittämisen kieltoajoista lokakuun loppuun mennessä.
Lannan varastoinnista ja levityksestä säädetään valtioneuvoston asetuksessa 2014/1250.
Ympäristönsuojeluviranomainen voi antaa määräyksiä ympäristön pilaantumisen ehkäisemiseksi myös niille maatalouden toiminnoille, jotka eivät ole luvanvaraisia. Tällaisia määräyksiä sisältyy ympäristönsuojelumääräyksiin, joissa on rajoitettu esim. hevostarhojen ja ratsastuskenttien sijoittamista herkille alueille.
Loviisan kaupunki osallistuu EU:n Interreg-hankkeeseen NUTRINFLOW. Hankkeessa on mukana partnereita myös Ruotsista ja Latviasta. Hankkeen tavoitteena on parantaa maatalouden vesiensuojelua ja vesitalouden hallintaa sekä esitellä uusia innovaatioita ja tehdä niitä tunnetuiksi. Pilottikohteena Suomessa on Loviisanjoki.
Loviisanjoen alueelle on laadittu myös kosteikkojen yleissuunnitelma.
